香港特區政府除了由政府部門執行政策外，還有不少公營機構，負責政府認為較需要社會人士參與的工作。這些機構由特區政府出資成立及資助，但不屬於政府體制，較政府部門有較多的自主權，如管理全香港所有公立醫院的醫院管理局、協助香港工業發展的香港生產力促進局等。
註：台灣省絕大部分（釣魚臺列嶼除外）實際由中華民國政府統治；釣魚臺列嶼附近領海現由中華人民共和國及日本政府船舶交替巡邏。参見臺灣問題。
特區政府今天起展開香港首個五年規劃公眾諮詢，這是一個歷史性的時刻，標誌着香港邁向更具前瞻性、更貼近國家發展大局的規劃模式。編制香港首份五年規劃，不單是特區政府的工作，更應該是市民的責任與機遇。香港五年規劃的編制，必須匯聚市民的智慧與意見，才能真正成為屬於香港的藍圖。
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第三層是部門，是政府政策的執行部門，由首長級公務員領導，例如衞生署、警務處、社會福利署、建築署等。
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行政會議由官守成員及非官守成員根據基本法組成，是行政長官制訂政策的顧問團和特區政府最高決策機構。行政長官在作出重要決策、向立法會提交法案、制定附屬法例和解散立法會前，須徵詢行政會議的意見。官守成員一般由各司長、副司長及決策局局長出任，而非官守成員則由行政長官自行委任某些立法會議員和社會人士出任。
「香港政府」重定向至此。關於香港歷史上的其他政府，請見「香港政府 (消歧義)」。
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第二層是決策局（又稱為政策局）由問責局長領導和由常任秘書長協助，職能類似英國政府的內閣大臣和國務大臣（部長），負責統籌及檢討特定政策範籌，如衞生、運輸、保安等政策，和監督屬下執行部門的工作。所有決策局均共同組成政府總部，以政務司司長為首。
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香港交接儀式上，港府向中外記者派發的新聞資料時，介紹香港的政治制度是按照「三權分立」的原則建立，有一個「行政主導」的政府，以及「『三權分立』是指行政、立法和司法機關各自獨立運作」。多名立法會議員、特區政府主要官員及法官亦曾明言「香港有三權分立」。
各專業界別的參與亦至關重要。諮詢正是專業界別發揮影響力的時候，專業人士的國際視野與專業知識，能為編制香港五年規劃提供更具前瞻性的建議。同時，五年規劃是每位市民生活的藍圖。房屋供應、交通建設、教育改革、醫療政策，無一不與市民息息相關，都需要專業界別運用知識和經驗提供意見，百川匯流，形成真正屬於香港的五年規劃。
香港特別行政區政府組織圖（繁體 （页面存档备份，存于互联网档案馆）、簡體 （页面存档备份，存于互联网档案馆））